Program Pendidikan Profesi Apoteker adalah program lanjutan bagi lulusan Sarjana Farmasi yang dirancang untuk mencetak apoteker profesional yang kompeten, beretika, dan berintegritas, dengan landasan nilai Kristiani. Program ini berlangsung selama 2 semester (36 SKS), di mana mahasiswa akan melaksanakan Praktik Kerja Profesi Apoteker di berbagai wahana seperti Rumah Sakit, Industri, Apotek, Distributor, maupun Pemerintahan (Puskesmas / BPOM).
Jalur karier apoteker mencakup apoteker klinis di rumah sakit/klinik/apotek, apoteker industri farmasi, praktisi regulator di instansi pemerintah, peneliti, hingga entrepreneur (pharmapreneur).